镇江金山寺行宫文宗阁和扬州天宁寺行宫文汇阁的部分《四库全书》卷宗被天平天国焚毁。
咸丰十年圆明园浩劫，文源阁收藏的丛书，传闻也被焚烧干净。
现存的《四库全书》残本，仅有七十三卷而已。
但现在看来，事实大有出入。
眼前箱子里面装的如果真的是《四库全书》十一至十三卷，那就说明，当初圆明园焚烧只是个幌子。
真正的丛书同样被英法联军洗劫，并运回了欧洲。