南部邦联军丢了亨利和多纳尔森两个要塞，在密苏里战败，只好从密西西比河两岸撤退到哥伦布南60英里处。在那儿，河流形成了两个180度的转弯。这儿有易守的高地和凯罗河下游低洼的10号岛。南部邦联军在这儿集结了近1万人的部队，配备有足够的火炮和6艘炮艇组成的小舰队；抵御由美国陆军准将约翰·波普指挥的2万人的部队和一支联邦军炮艇支队。
河流两岸的沼泽地使波普无法进行陆地进攻，因而包围也成为泡影，除非他能设法使部队运动到南军的下游，并得到有力的支援。波普的军队占领了10号岛下游的新马德里。为了能得到直接的水运供应，他的部队在积水的密林中开挖了一条运河，与10号岛上游的河流相通。然而这条运河对那些需到下流去对付南军炮艇的北军战舰来说，水深不够无法通行。“卡龙德莱特”号舰长亨利·沃克自告奋勇，愿率舰通过南军火炮群的交叉火网。
沃克进行了精心准备，在甲板上铺设了锚链索，以防俯射，并在暴露的一侧捆绑了一艘煤驳。4月4日，在一个狂风暴雨的夜晚，在舰上一个连的陆军狙击手的支援下，“卡龙德莱特”号缓慢地驶向下游。这艘做了防护的炮艇穿过岸边的炮阵地时，每人手中都握有短剑，作好白刃搏斗的准备。“卡龙德莱特”号终于无一伤亡地到达了下游。两天后“匹兹堡”号也选择了一个狂风暴雨的夜晚通过了封锁线。
联邦政府的装甲舰将南军木製炮艇驱赶到下游后，波普的部队没经抵抗就通过了密苏里，置南军于绝境。这样南军要塞及所有重炮没遭打击便被丢弃了。
与此同时，格兰特正计划率领他新组建的田纳西陆军，去对付科林斯这个战略中心。为了这次作战，他得到了俄亥俄陆军准将唐·卡洛斯·比尔的两万人马的增援。由于海军控制了田纳西河，所以格兰特将军能在科林斯的攻击距离内通过水路调动部队，他确定其主力——3.3万人在匹兹堡登陆，等候比尔的人马。南部邦联陆军艾伯特·西德尼·约翰斯顿将军在科林斯迅速集结了4.5万人，向格兰特发起猛攻。1862年4月6-7日的夏洛保卫战是最惨烈的战斗之一，双方共伤亡两万多人。虽然这次战斗南方暂时挫败了北方的攻势，但南方是以严重削弱他处防御为代价的。请参阅“纽奥良之战”。
图26 密西西比河流域
图26 密西西比河流域
一、纽奥良之战
纽奥良是密西西比河流域的一大货物集散地，是南方最大和最富庶的城市，它位于河口上方100英里处。密西西比河在这里分成三条主要的水道流入墨西哥湾。纽奥良战前就是最大的棉花港口，出口量仅次于纽约。北军如能夺取纽奥良将是一个巨大的胜利，而且也是控制整个密西西比河的一个必不可少的附加条件。早在1861年9月，联邦海军就已夺取了位于三角洲东岸外的希普岛，将其作为封锁船隻的一个主要前进基地。
儘管南方的一艘龟型铁甲舰“曼纳萨斯”号有一次挫败了北部联邦封锁河流入海口的企图，取得了局部微小的胜利；儘管那些能够通过诸多狭窄水道的小舰艇，从内河开进大海成功地越过了封锁线，但联邦海军不久就使纽奥良感受到了它的力量。该市战前贸易的盛况日渐衰败。
为了防御来自海湾的直接进攻，纽奥良主要依赖防御工事以及下游普拉克明弯曲处的一道牢固的栅栏，它离纽奥良90英里。杰克逊要塞呈星状，为砖石结构，位于右岸，装备有16门带掩蔽部的火炮和74座炮垛。溯流而上不远，在左岸座落有圣菲利普要塞，装有52门炮，但无掩蔽部。该处河宽仅700英尺，水流速通常4节。南部邦联在杰克逊要塞下方，构筑了一座大的浮动柏木栅栏网，用大十字梁和重锚链使柏木保持几英尺间隔，并与水流平行。24个3000磅锚将栅栏牢牢地固定在河床上，可以说它是难对付的。这个栅栏于1861年冬末被上游流下的杂物衝出一处缺口。经过用纵桅船卸下的桅杆用链条栓在一起堵住缺口的紧急抢救修很快就完成了。防御者不久也有了一艘装有发射32磅炮弹单门火炮的“马纳萨斯”号，此外还有12艘木製小型炮艇。纽奥良正建造两艘令人生畏的铁甲舰“路易斯安那”号和“密西西比”号，但这两艘舰在南军指定的时间内难以完成。
约翰斯顿将军希望阻止住格兰特将军向科林斯推进，他把大部分本来可用来保卫纽奥良的士兵都抽调到了北方。纽奥良防御指挥官陆军少将曼斯菲尔德·洛弗尔驻守要塞的兵力不足1500人，城里仅有装备低劣的民兵约3000人。可是，南部邦联的首脑并不太害怕来自海湾的海军进攻。他们认为，真正的危险将来自上游，南部邦联如在上游取得胜利就是消除这种危险的最佳途径。
最初联邦陆军想推延对纽奥良的一切作战，因为他们认为进行一次大规模战役需5万人和海军的全力支援。但海军部助理部长古斯塔夫斯·福克斯，受到海军中校戴维·犹克逊·波特的有力支持，他认为整个海军战役可以取得成功，而陆军只需在对方投降后占领城市。波特提出，用一支由迫击炮艇组成的舰队即可摧毁杰克逊要塞和圣菲利普要塞，这样吃水深的海军舰隻便可以从这里溯流而上，威胁城市。