法拉格特没有领会和配合波特的上述做法。他被维克斯堡的对峙而恼怒，且担心哈得孙港南军的实力在不断增强，于是决定通过那个阵地，而且至少封锁雷德河。但他认识到这不是一件轻而易举的事。在30多门火炮集火下，他的分舰队不得不逆着5节流速，绕着河流的150度弯曲段航行。南军期望来一次夜战，它在东岸安装了火车前灯以照亮河面，同时又在河西岸堆积了干柴垛，准备在舰船接近时将其点燃，这样可以给对岸炮手映出一个明显的侧影。为了弥补蒸汽管路或锅炉被击中时动力的损失，法拉格特命令在每一艘螺旋桨单桅纵帆船左舷都要捆绑一艘炮艇。
3月14日寂静漆黑的夜晚，法拉格特乘坐“哈特福德”号在前带路，炮艇“信天翁”号紧随其后。在敌炮火打击下，“哈特福德”号一度搁浅。藉助舷侧“信天翁”号的帮助，“哈特福德”向后倒退，脱离浅滩，继续向上游开进，驶出炮火射程以外，“里奇蒙”号和“莫纳加赫拉”号遭受了更猛烈炮击，停止了前进，。大明轮“密西西比”号单独航行，遭到敌炮火攻击后，在西岸严重搁浅。第二天早上，“密西西比”号爆炸。只有旗舰和小型僚舰成功地通过炮台。但是，仅只这两艘舰就足以实现法拉格特封锁雷德河运输的目的。
三、占领维克斯堡
随着春季来临，密西西比河水位下降，终于有一条陆路可达西岸。1863年4月初，格兰特的大队人马进军至大格尔夫对面，维克斯堡环形防线的南部锚泊地。对于陆军来说，在该地段渡河需要海军炮火支援，也需要舰船运送。
波特于4月16日夜间率领7艘铁甲舰和3艘装满补给品的运输船，顺流而下通过维克斯堡炮台。儘管岸上炮火猛烈，整个编队仅损失了一艘运输舰就通过了。一星期后，6艘以上运输舰决定再次碰碰运气通过这个交叉火网，结果有5艘通过。铁甲舰的长时间炮击后，没能打哑大格尔夫的南军岸炮。波特和格兰特只向下游航行 9英里，即达布鲁因斯堡，在那儿舰队没遇任何抵抗，就运送陆军过了河。
舍曼的部队对维克斯堡防御阵地边沿对面的海恩斯悬崖进行的佯攻，使得陆军的渡河行动变得十分顺利。舍曼佯攻的声势之大，使得南军以为这里是主攻，而把格兰特的行动当成了牵制行动。这样，舍曼就在南军防御工事的北翼站稳了脚根。接着随格兰特的大部队与大格尔夫附近联邦陆军主力汇合。南军则已撤离了大格尔夫。
格兰特已开始接受了去年12月维克斯堡战役的深刻教训。他对这个教训感到懊恼，开始学习南军骑兵部队，派遣了陆军上校班杰明·H·格里尔森统帅一支千人的骑兵部队，在密西西比中心600英里的范围内机动作战。从4月17日至5月2日，联邦骑兵割断了60英里长的电报线，并拆掉了两条铁路的铁轨，从而切断了密西西比向南军部队与南部邦联其他地区的通信联繫，排除了及时增援的可能。这样南军的主要指挥官就被分割孤立起来了。其中有：陆军中将约翰·C·彭伯顿，他在维克斯堡地区有3.2万人；另外还有西部总指挥官约瑟夫·E·约翰斯顿将军，战争初期他曾在密西西比首府杰克逊征集部队。
格兰特还接受了另一个教训，大胆地摆脱了对河流基地的依赖，而命令他的部队在水上生活。然后他使用其全部人马4.4万人进军杰克逊，以便切入两支南军之间。被格兰特的一支部队赶出杰克逊的约翰斯顿，命令彭伯顿从背后攻击联邦军队。而彭伯顿却向东南方向搜索，企图切断根本不存在的北军补给线。格兰特立刻掉头在钱皮恩高地打败了彭伯顿，并将其赶回了维克斯堡。
已经撤到北部的约翰斯顿，此时命令彭伯顿撤出该城，与其会合。但在格兰特右侧的舍曼已经占领了奇克索和城北的海恩斯悬崖，切断了彭伯顿逃跑的道路。联邦炮艇在河中进行炮击，水兵们眼看着舍曼的骑兵在悬崖上追逐敌兵，就是在这里去年12月他们的部队被南军打得一败涂地，也还是在这附近，18天前他们发动了一次佯攻。
彭伯顿及其伤亡惨重的部队被围困在维克斯堡，所有补给来源都被切断了，而格兰特饥饿的部队也仅只得到了波特舰队的一次补给。南军本可以竭力反攻，夺回维克斯堡，但接踵而来的是包围和城市不断遭受来自陆上和河中的炮击，因而只有一种结局。1863年7月4日，正当北方庆祝葛底斯堡的胜利时，彭伯顿率领他饥肠辘辘的部队投降了。
对格兰特和舍曼来说，完全应当受到维克斯堡战役胜利者的最高讚誉。但格兰特非常谦逊，认为有了海军才使胜利成为可能，是联邦海军保持了密西西比河上开罗与维克斯堡间陆军唯一的运输线。在它的端点上，陆军就象联邦的一隻水桶悬吊在南军的井里。那些炮艇在整个战区可通航的水道网系中来回巡航，它们既是机动的重炮，而且在部队渡河时又是渡船。它们炸毁了南军的补给，支援联邦军的守备部队抗击南军的进攻，护送非武装船隻，并切断了敌人所有的水上交通线。
与此同时，法拉格特的分舰队已在下游完成相似的任务。在法拉格特的促使和密切支援下，美国陆军少将纳撒尼尔·P·班克斯在1863年5月中旬开始对哈得孙港进攻。5月27日，班克斯的部队发起猛攻但没有成功，于是便转为炮