开始时，肃反主持者多以苏维埃政府主席习仲勋的名义，将当事人调往后方，然后再已于逮捕。习仲勋曾谈到肃反最初的情形是说：“开来了三十多人的名单，我，刘景范都参加会的。哪里有副主席、通讯员、秘书长，都是右派。我说不对头。先把几个来路不明的人逮捕起来。所以第一次才逮捕九个人，其余的人是我硬担硬保的，如果他们发生了问题，就要立刻逮捕我。越到后就越到处捕人。那时候要拿我的名字写信要把那些人调回来，不然调不回来。所以很多人是经过我调回来的，在这个时候我就发生了很大的恐慌。”时任边区秘书长张文华，在四十八年后仍对当年摆布的情形记忆犹新：“一九三五年九月某日，省政府主席习仲勋令我、杨玉亭上西北工委汇报工作，并参观陕北省工作，吸取经验。到永坪知道张庆孚已被捕。同时看到文件上写有‘暗藏在内的蔡子伟为首的右倾机会主义分子’，‘在中央代表王岗(朱理治别名)正确领导下’等。我被捕后在酷刑下，承认自己是右派。”
习仲勋对越来越多的同志被捕，内心感到不安和焦虑，时常彻夜不眠，已至身体也出现不良反应，每听到有人被捕的时候，就周身不适，频繁腹泻。不久他身边人员甚至连警卫员也被关押，他隐约也感觉到自己难逃厄运。刘景范关切的对习仲勋说，还是暂离此地，躲一躲。习仲勋说：“不能走。我落一个法西斯分子，把我杀了，我也不能走，这些同志都是以我的名义后来的我怎么能走呢?”
其实，西北苏区迫在眉睫的任务是如何粉碎国民党军已持续了三个月的第三次“围剿”，解除异常严峻的军事危机。十月一日，红十五军团在延安。甘泉之间的劳山歼灭国民党东北军一一0师近两个团和师直属队全部三千七百人，击毙师长何立中，参谋长裴焕然。十月二十五日，又在榆林桥歼东北军一0七师一个团，活捉团长高福元。两次战斗胜利，有力打击了国民党军队的进攻，鼓舞了苏区军民革命意识。与此同时，错误的肃反又在加紧进行。正如习仲勋在四十三年后的撰文所述：
“于是就出现了这样的怪现象，红军在前方打仗，抵抗蒋介石的进攻，不断取得胜利。‘左’倾机会主义路线的执行者却在后方先夺权，后抓人，把刘志丹同志等一大批干部扣押起来，红二十六军营以上主要干部，陕甘边县以上的主要干部，几乎和无一倖免。”【贺氏藏书·刘大海精校】
其实，当刘志丹等一批红军将领在劳山前线浴血奋战之时，肃反主持者的逮捕计划就已形成。
许多年后，聂洪钧在《刘志丹同志冤案的产生》一文中记述决定扣押刘志丹。习仲勋等人细节：
“经过反覆商量，最后确定，分开刘志丹、高岗，将刘志丹调到后方主持军委工作，以防变乱，并便考查。不想，刘一到后方就被捕。尔后，在省委的督促和指责下，我和程子华都感到，事已到此，刘已被捕，前方如不立即采取行动，就会发生事故的危险。随即，按照后方提出的名单，逮捕了高岗、杨森、习仲勋、刘景范等许多陕甘边苏区和红二十六军的负责干部。此后人心惶惶，危险局面可以想见，陕北延中的肃反事件就此铸成。”
习仲勋、刘景范在刘志丹等人被捕后，也被以“党棍”罪名，开除党籍，撤销职务。一天，红二十五军团特务科长朱仰新来到下寺湾，叫习仲勋到十多里以外的王家坪谈话。来人带有一封前方领导人写的亲笔信。信中说：“仲勋同志，你对此次肃反，态度暧昧，非无产阶级意识，有跟你谈话的必要。
习仲勋已感到自己可能被捕，便把随声带的一支手枪、两块银元和钢笔交给了刚才从赤源县回到洛河川的老战友张策，并要张策以看望刘志丹的名义一同驻扎王家坪的红二十五军团军团部，后考虑到这样可能会一起被捕，又决定张策在义子沟边区政府驻地等候，并告诉张悦，如果我能回来，咱们就一同返回特委;如果回不来，就说明我已被捕。
习仲勋到了位于下寺湾东南二三十里的王家坪，刚进军团部就被押了起来。聂洪钧给习仲勋罗列罪状说：“第一骂群众是土匪;第二不搞土改革命，只分田地，不分山地;第三给富农通风报信。张策回忆说“快到黄昏的时候，我见习仲勋由军团部出来了，但是他身后跟着专门负责捕人的红二十五军特务科长朱仰新。我一看就明白了。习仲勋此时已失去同我说话的自由。我只好骑马回到下寺湾。此时，我的脑子乱成一团，茫然不知所措，深感等着我的也是被捕的命运。”
习仲勋被押后，最初关在王家坪，后来押往陕甘晋省委驻地瓦窑堡。押解途中，给他头上套了一个只露两隻眼睛的黑帽子，肩上还扛两桿长枪。习仲勋后来常向人谈起去瓦窑堡路上发生的事情：“晚上睡觉时也将人困着，脚上、脖子上也加了绳子。到了真武洞，一位同时被关押的人让我给他鬆绑，我们互相鬆开绳子。到了第二天我报告说，昨晚翻身时，把绳子翻鬆了。不然他们会议逃跑为名抽打体罚的。”
习仲勋回忆说：“被押到瓦窑堡后，”和刘志丹同志一起被关在一个旧当铺，‘左’倾机会主义路线执行者搞法西斯审讯方式，天气很冷，不给我们被子盖，晚上睡觉还缚绑着手脚，绳子上长满虱子;一天只放两次风，有人拿着鞭子、大刀。看谁不顺眼就用鞭子抽，用刀