六月二十三日至二十四日，习仲勋等人又赶往深圳检查工作。接着又到珠海市参加珠江三角洲反偷渡工作会议。在会议讨论中，习仲勋强调说，反偷渡工作要依靠群众，这是根本的。因为多数人民群众是不赞成铤而走险去闯边境、搞外逃的，偷渡的是少数，反偷渡的是多数。他再次强调宣传工作的重要作用和正确执行对待外逃者的政策。他说，要准确地严惩组织偷渡的团伙和首恶。收容站要加强对偷渡者的宣传教育工作，不要抓了就送走，连几句开导的话都不说。外逃多的县，要派人到收容站接人并负责教育。但是，不要歧视和虐待外逃者。偷渡问题，目前已成为破坏安定团结的重要因素，我们要坚决做好工作，相信这种现象是能够制止的。
习仲勋最担心的是深圳一带的偷渡外逃。在珠海部署完工作后便立即再回到深圳。此时，深圳市宝安县委在县委党校举办有二百多个外逃严重公社的党委书记和大队党支部书记参加的学习班。习仲勋在这里与二十多个公社书记和大队党支部书记座谈。习仲勋问他们，我给你们粮食，能不能把人留住?他们说不行，留不住。这对习仲勋震动很大，使他再次深刻体会到老百姓对改革开放和提高生活水平的渴望。
七月七日晚，习仲勋就关于制止广东群众偷渡外逃问题，用电报向国务院副总理李先念、陈慕华并中央做了简要报告。报告中说：这次反偷渡外逃，省委确定采取治标治本并举的方针，从总的趋势来看，去年底以来发生的这股偷渡外逃风，已经得到遏制，港英当局对此也表示满意。但是，要根本制止住偷渡外逃，任务仍很艰巨。他还提出要改进收容工作，不能把外逃人员当做犯人对待。
中共中央二十一日復电中共广东省委，对中共广东省委和习仲勋贯彻执行国务院、中央军委的指示给予了充分肯定，并要求及时总结经验，继续做好防范和堵截工作，防止出现反覆。
七月三十一日，中共广东省委发出《关于印发习仲勋同志在惠阳地委反偷渡外逃会议上的讲话要点的通知》。指出要从根本上解决偷渡外逃问题，还要继续治本，要做大量的艰苦细緻的工作，特别是要把偷渡外逃严重地区的生产建设搞好，把党风和党的基层组织整顿好，把思想教育工作抓好。八月二十七日，中共广东省委又发出《关于进一步做好反偷渡外逃工作的指示》，再次要求各级党委把反偷渡外逃作为一项长期的政治任务，“贯彻治本治标并举，以治本为主的方针”，切实改进收容遣送工作，帮助他们解决存在的困难。
十二月七日，习仲勋访问澳大利亚后顺访香港，同港英署理总督姬达就内地居民非法来港等问题进行会谈。习仲勋重申了中方的一贯政策，说明外逃问题只是一个暂时现象，今后随着内地经济发展，人民生活水平提高，这个问题自然会得到解决，因此要更加积极发展双方的经济合作。姬达提出双方今后最好能就此经常交换意见，相互配合。
十二月十八日晚，习仲勋主持召开中共广东省委常委会议，再次研究反偷渡外逃问题。会议决定继续加强反偷渡外逃的斗争，调整和加强了反偷渡外逃领导小组;要大造舆论，儘快颁布《关于处理偷渡外逃的规定》，采取多管齐下的措施，在全省范围内开展反偷渡外逃的专项斗争。
一九七九年十二月十七日至二十六日，广东省五届人大二次会议召开。会议决定将广东省革命委员会改为广东省人民政府，习仲勋当选省长，杨尚昆、刘田夫、王全国等当选副省长。一九八〇年一月八日，广东省政府颁布了《关于处理偷渡外逃的规定》，反偷渡外逃斗争从此有了操作性比较强的法律依据。经过半年多的艰苦努力，偷渡外逃的势头得到遏制。
在反偷渡外逃的斗争中，习仲勋和中共广东省委深切地感到要最终解决偷渡外逃问题，根本是要靠加快改革开放步伐。随之，采取了一系列强有力措施，推动改革开放，加快经济特区建设。
一九七九年八月，省委决定由刘田夫主持省经济工作办公会议，之后即开始工作，研究制定贯彻中发[1979]50号文件的具体措施，制定经济体制改革、各项经济政策、扩大出口贸易和旅游事业的规划，拟订对外经济活动的方案、法律和条例等;吴南生主要负责对外经济活动，侧重抓章程条例的制订、经济体制改革和旅游工作。
九月二十一日，习仲勋在省委召开的地委书记会议上，就贯彻中发『1979]50号文件问题发表讲话。他在向与会者说明中央决定对广东实行特殊政策的由来后说，这一政策一方面是省委向中央“要权”要来的，另一方面更是中央从搞好四个现代化建设出发，对体制改革所作出的一个重要决策。他指出，我国现行的经济管理体制，基本是苏联的那一套模式，用行政办法搞经济，集中过多，统得过死，实践证明不改革不行。“所以我们一要求，中央领导同志很重视，很快就表态同意。这件事情的实质，就是中国如何搞好体制改革，以适应四化的需要。如果我们广东不提，中央也会提出来。广东要从全国的大局出发，把这件事搞好。”“我们要全力以赴，一定要在如何把对外经济活动搞活和办好特区等方面闯出一条路子来，作为全国的参考。”他满怀信心地说：
在态度上我看要有“三要”和“三不要”：第一，要有