市行政会不愿意考虑这一问题。传教士们不爱吵架，我们不能不认为世俗当局对宗教法庭篡权一事是不安的。委员们把决议拖延了一段时间，最后的判决模棱两可。卡斯特利奥受到训斥但未处分、未被除名。但提名他为温多华传教士的活动在另行通知之前暂行停止。
这样一个不冷不热的惩戒，有人可能认为足以使卡斯特利奥满足了。但他另有主意。这一事件只不过加强了他先前的想法：在象加尔文那样的一个暴君的独裁统治之下，日内瓦就不会有自由精神。因此他请求市行政会解除他的职务。他通过第一次尝试使用力量和研究他敌手的策略学到了足够多的东西。他知道政治党徒用专横对待真理，他们想使真理为他们的政策服务。卡斯特利奥清楚地预见到，他坦率、果断地拒绝高位显职，只能使他的敌人散布流言蜚语，说卡斯特利奥失去官职的原因是由于某种不端的行为。因此，在离开日内瓦之前，卡斯特利奥请求得到一份有关这事件的书面报告，加尔文别无选择只好在报告上签名。这份报告现仍存巴塞尔图书馆国家文件檔案中。在那儿，我们读到之所以拒绝任命卡斯特利奥为传教士，仅仅只是因为两项无关宏旨的神学上的分歧。报告最后部分的原文如下：“没有人可对塞巴斯蒂安·卡斯特利奥离职的原因妄加猜测，我们全体宣布他是自愿辞去学院院长职务的。直到最后，他是如此圆满地完成了职责，我们认为他值得成为我们传教士的一员。即使最后的人事安排并非如此，这也并不是因为我们发现卡斯特利奥有任何不端行为，而仅仅是为了上述原因。”
加尔文当然还是得到了胜利——从日内瓦勾销了那唯一能站出来反对他的人。但毋庸置疑，这胜利是付出极大代价才得到的。卡斯特利奥极孚人望，许多人把他的离去当作本城的一大损失。公众的舆论认为，“加尔文大大冤枉了卡斯特利奥老爷”。整个人道主义者世界普遍认为：加尔文在日内瓦谁也不容，只容得对他的所有意见唯唯诺诺的人。二百年以后，服尔泰把对卡斯特利奥的镇压作为证明加尔文内心思想态度的决定性的证据：“我们能够根据卡斯特利奥揭露加尔文迫害的实例中衡量这专制暴君的恶毒——虽然卡斯特利奥是远比加尔文伟大的学者。是加尔文的妒忌把他逐出了日内瓦。”
加尔文的本性对批评过份敏感。他很快就认识到民意是反对他的，普遍认为他应对卡斯特利奥的下台负责。他刚达到了他的目的，成功地把那唯一具独立思想的人直接逐出了日内瓦，就意识到自己得为卡斯特利奥目前的贫困和苦难负责，他因此感到不安。实际上，卡斯特利奥的离职决定是在走投无路的情况下作出的。作为加尔文(从政治上说起来，此人是瑞士最强有力的新教徒)的对手，卡斯特利奥不可能指望很快就接到改革教会的另行任命。他鲁莽的离职决定，使他处于赤贫状态。这一曾任日内瓦宗教改革学院院长的人被迫为乞讨口粮挨户奔走。加尔文是够聪明的，他意识到当一个被击败的对手明显地处于贫困状态时就会铤而走险。现在卡斯特利奥已不再在他旁边使他恼火了，因此，加尔文想为那被追猎的人留一条退路。在这个时候，他想必花了很多的时间，一封信接一封信地为自己开脱。他称为了替卡斯特利奥那个穷小子谋一个合适的职位，他找了许许多多的麻烦。(卡斯特利奥为什么穷苦，那还不是加尔文的过错?)“我希望能从什么地方借到一笔足够的贷款，我将尽一切力量助成此事。”但卡斯特利奥不象加尔文所希望的那样保持沉默。他告诉所有的人，由于加尔文的专横跋扈，他被迫离开了日内瓦。这就触到了加尔文的痛处。因为加尔文从来不公开承认他自己是一个独裁者，他总是形容他自己是一个谦卑恭顺地完成人们分派给他困难工作的人。
加尔文写信给他朋友们时的口气很快就变了，他不復同情卡斯特利奥了。“如果你知道这情况就好了，”他写信给人说：“这杂种狗(我指的是塞巴斯蒂安.卡斯特利奥)衝着我狂吠乱叫。他称他是被我的专制暴虐逐出公职的，他称我希望做一个至高无上的统治者。”在几个月之内，就是这样一个被加尔文形容为够得上担任上帝仆人神圣职务的人，成了一隻“野兽”，一条“杂种狗”——这只不过因为卡斯特利奥宁愿受极端的贫穷，也不愿出卖自己，不愿因为赠予牧师的傣禄而缄口。
这一英勇地受穷、自愿受难的行为，在卡斯特利奥同时代的人中间引起了敬佩。蒙田说过，象卡斯特利奥这样做过那么多好事的人，会落在那万恶的时代里，实是可嘆。那法国随笔作家接着说，有很多人如果及时知道卡斯特利奥匮乏的话，毫无问题，他们会乐于帮助他的。蒙田太自信了。没有人对卡斯特利奥最低限度的需求，帮过一点忙。年復一年，这一被逐出职位的人，得不到与他的卓越的学涧道德相配的位置。有很长一段时间，没有一所大学光顾过他，没有向他提供过一个传教士的职位。因为，在政治上瑞士各城市对加尔文的依赖已如此之大，以致于没有一个人敢冒风险而向日内瓦独裁者的对手假以援手。无论如何，这个被追猎的人仍可在巴塞尔的奥伯林印刷所当一个低级校对员以挣得菲薄的收入，可是这职业并不是正式的，不足以养活妻子和孩子们，也不足以养活他