是什么原因导致清王朝改变主意，转而强令民众剃髮易服呢？真的是因为孙之獬的“愤然”一奏吗？
张研、牛贯杰认为，多尔衮拿下南京后，以为高枕无忧，转而以征服者姿态实行民族高压政策，于是向全国颁布剃髮、易衣冠令。
这确实是原因之一，当时清军挥师南下征讨时，竟然出人意料地进展迅速，如狂风扫落叶般，不到一年的时间，江南半壁臣服，除了东南、西南，满清基本已控制了整个中原。这大大出乎多尔衮他们的意料，用柏杨先生的话说，“满洲民族大为惊奇，惊奇他们自己的满洲兵团竟是如此的英勇，也惊奇汉民族竟是如此糟透了的懦弱”。这让清政府更加肆无忌惮。
此外，还有一个原因，就是汉人官员的推波助澜，通过上面多铎颁布的告示，不难发现，像孙之獬之类剃髮易服以讨好清王朝的大有人在，这帮归顺的官员别的不会，拍马屁倒是颇见功力，主子换了，立刻入乡随俗，不仅自动剃髮，以示忠贞不贰，而且上书建议，以媚上谋取赏识。比如孙之獬那番慷慨陈词，“此乃陛下从中国，非中国从陛下”！多么愤慨，多么掷地有声啊！再配合一把鼻涕一把泪的诚恳表情，俨然魏征再世，寇准重生。
这样，一方面，清朝的安抚之策已达到目的；另一方面，汉人的懦弱，汉官员的吹捧，让清政府感觉名正言顺地入主中国的时机已成熟，疑虑之心尽消，即使没有孙之獬的奏摺，剃髮易衣冠也是早晚的事，孙之獬之陈不过是引发剃髮令的导火索罢了。
然而，清政府高估了汉族人的忍受力，低估了汉民族的伦理观。它以为懦弱的汉人连砍头都那么配合，剃个头髮、换身衣服有什么大不了的。
偏偏是这个大不了的决定把事情闹大了！
柏杨在《中国人史纲》中说道：“（剃髮令）一下子触发起疲惫不堪的汉人的民族情愫，原来对砍头都驯服得像一群羔羊，忽然间只因为要剃掉他们头上一部分头髮而怒吼如虎。”一位西洋的传教士马丁尼在他的《鞑靼战争记》一书中也写出了他的惊讶：
“鞑靼军发现没有任何抵抗，顺利地占领绍兴。浙江省南部各县，也很容易地予以征服。鞑靼这时候下令，强迫新近归降的汉人剃髮，于是所有汉人，无论士兵和市民，都愤怒起来，手执武器向鞑靼反抗。他们对国家和皇帝都没有这种热爱，为了保护自己的头髮，却舍生命去抵抗强大的敌人。”
汉人的强烈反抗令清政府出乎意料，在嘉定，平民组成的“乡军”与清军展开了激烈的争斗，清军接连屠杀三次，杀人二十万，才强行镇压下去。在江阴，典吏阎应元率民众浴血奋战，整整固守了八十日，外无援军，内无粮草，又遇暴雨城崩，清军才得以攻入城中，江阴人或战死或自尽，无一降者。这就是最具典型性的激烈反抗——“嘉定三屠”和“江阴三月”。
汉人的激烈反抗是有原因的。
剃髮对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。“身体髮肤授之父母，不可损伤”，这是千年以来的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。这些根深蒂固的观念不仅主宰着传统知识分子，而且在千年的岁月里也在下层民众心中扎下深根。
其实在剃髮令颁布之前，与当时江南很多城镇一样，南京投降后，嘉定也曾“结彩于路，出城迎之”，且还用黄纸书“大清顺民”四字贴于门。老百姓对于谁做皇帝，倒是不太计较，反正谁做皇帝都是一样完粮纳税，跟自己本身利益都没有什么利害衝突，你清政府一切按明制进行，我该怎么过还怎么过，至于外面说的清军杀人的事，只要不砍我的头就行。老百姓的思维就是这么简单。
然而，剃髮易衣冠令一颁布，事情就大不一样了。在他们看来，易衣冠倒无所谓，换身衣服没啥大不了的，关键是这个剃髮，简直是欺人太甚！“身体髮肤授之父母，不可损伤”，剃髮不仅有违传统，而且是一种侮辱，对自己父母、祖宗的侮辱。这可是涉及到每个人的切身利益啊！骂皇帝、杀皇帝都无所谓，但你侮辱我的祖宗就不行了。民众被激怒了，于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来。各地地方官和民众纷纷揭竿而起，逐走清政府派来的县令，占据了城市，喊出“宁为束髮鬼，不作剃头人”的口号，摆出一副与清政府决一死战的架势。
所以这场反抗，看似是对“剃头”的反抗，实际上是根深蒂固的汉族文化和异族文化两者之间的对抗。随着清军对反抗的血腥镇压，又进一步升级为民族矛盾。刚刚扫平的江南各部，又举起了“反清復明”的大旗，南明鲁王监国政府、隆武政府、绍武政府、永历政府，降清的明军将领，农民大顺军、大西军余部，海上郑成功等，他们之间交错联合，相互呼应，掀起了波澜起伏的抗清斗争。这些接连不断的抗清斗争，曾一度使新立的清政府几乎面临灭顶之灾。年幼的顺治帝惊慌失措，甚至想退回关外，被孝庄皇后严厉申斥了一番。
“乡军”虽声势浩大，人数众多，但毕竟是平民百姓，纯属乌合之众，毫无纪律，更谈不上组织和战斗力了，所以根本无法与装备精良、训练有素的满洲铁骑抗衡。野蛮的血腥很快就压制住了激烈的反抗，“远近始剃髮，称大清顺民云”。然而，由此引发的“反清復明”的势力，清军用了长达二十余年的时间才基本肃清。