清廷对土尔扈特部返归祖国的行动十分重视。干隆帝在热河和避暑山庄多次接见﹑宴请渥巴锡等首领，并亲撰《土尔扈特全部归顺记》﹑《优恤土尔扈特部众记》碑文两篇﹐立碑于承德普陀宗乘之庙内。同时封渥巴锡为卓哩克图汗，对土尔扈特部牧地也作了妥善安排。
作为仅有的两个入驻中原的少数民族政权，满清与蒙古有着太多的相同之处，共同的命运把他们紧紧联繫在一起，所以，满清在对待蒙古的政策上与对待其他民族截然不同。或许是吸取了元朝灭亡的教训，或许是为了在人数众多的汉族面前不过于孤单，蒙古就成了满清坚定的盟友和坚强的后盾。
天山风雨几多晴
２００１年３月，在安徽砀山城西关梨园小区建筑工地，一辆挖土机作业时，在４米多深的地下突然发现一座清代古墓。让人惊奇的是，人们在打开一号棺时，棺内一股奇特、浓郁的香味扑面而出。更令人惊讶的是，棺内一具女尸居然保存完好，就像刚刚入葬时一样。尸体的完好程度在安徽甚至中国整个考古史上都难得一见。
该女子是谁，当时很多人不假思索地得出了答案——香妃。
当然，后来的考古证实，那只是人们一厢情愿的猜测。但也说明随着有关香妃电视剧的热播和有关野史的传扬，香妃成了家喻户晓的人物。但历史上的香妃到底是何许人也？
在干隆皇帝的四十多个后妃中，有一位回族女子，她就是闻名遐迩的香妃。传说香妃遍体生香，但是否如此，根本无从考证。
香妃诞生在新疆和卓族的一个贵族家庭。新疆，最原始的称呼是柱州，汉称西域，意思是中国西部的疆域，这一名称一直沿用到左宗棠收復该地之后，西域改称新疆。新疆和卓族是世居叶尔羌的回族始祖派噶木巴尔的后裔，和卓是波斯语的译音，本是穆斯林对伊斯兰教始祖穆罕默德后裔和伊斯兰教学者的尊称。西域伊斯兰教封建上层人物也自称“和卓”。所以香妃又叫和卓氏。
新疆在清朝历史上数经动盪，晴雨难测。干隆年间，清军进军伊犁，二次平定准噶尔叛乱，解救了被准噶尔拘禁的叶尔羌、喀什噶尔封建主玛罕木特的两个儿子：大和卓木、小和卓木。不料两年以后，大小和卓诱杀清朝将领，小和卓自立为巴图尔汗，发动了反对清朝中央政府的叛乱。他们号召各城起兵反清，一时协从的有几十万人，叛军控制了天山南路的大部分地方。
干隆帝派清军进入南疆（天山南路）平叛。起初，清军出师不利。但由于大小和卓残酷地压迫维吾尔族人民，人民不堪其苦，纷纷逃亡，小和卓亲自屠杀逃亡的士卒。后来，清军两路会师猛攻叶尔羌，大小和卓兵败西逃。他们的部众树起大旗吶喊呼降，“降者蔽山而下，声如奔雷”。此后，图尔都台吉等不愿归附分裂的部落，配合清军，于干隆二十四年，彻底平息了大、小和卓木的叛乱。
干隆二十五年，图尔都等五户助战有功的和卓来到北京。干隆令他们在京居住，并派使者接他们的家眷来京，封图尔都等为一等台吉。图尔都２７岁的妹妹也被选入宫，册封为和贵人（即香妃）。显然，这是干隆皇帝统一西域后，实行“因俗而制”的政治需要，即政治联姻。
宋连生先生在《大清盛世》中说：干隆对香妃的宠爱，有很浓厚的政治含义，是出于民族关係的考虑。对妃子的宠爱，对其民族信仰的尊重，可以表明皇帝对这个民族的重视。
清政府在新疆实行盟旗制和伯克制。清末建省之前，曾就额鲁特旧土尔扈特部与和硕特部的实况，设盟旗制。此外新疆大部分地区为维吾尔族居住，清代称为“回部”。自康熙至干隆平定回部诸乱之后，在这些地区不设札萨克，而实行伯克制。清朝还派驻了伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。
新疆一直令清政府比较头痛，尤其到了清朝末年。１８５１年，太平天国运动兴起，长江中下游流域从此战火不绝。１８６４年，南疆和北疆几地分别建立了地方割据政权。
１８６５年１月，在叛清割据政权的邀请下，以安集延人（乌兹别克人）为主体的浩罕汗国派遣军事首领阿古柏等６０余人进入新疆喀什噶尔，以帮助巩固政权为名，行篡位夺权之实。在英国等支持下，１８７１年，阿古柏相继攻取乌鲁木齐、古牧地、木垒、玛纳斯、鄯善等地。１８７１年７月，俄罗斯军队趁清廷无力西顾，以“回乱未清，代为收復”的名义，也藉机抢占了北疆伊犁。至此，新疆完全脱离清廷控制。
内外交困中的清政府，面对晴雨不定的新疆，既难以割舍，又缺乏收復的信心。１８７５年，清廷内部出现了“海防”与“塞防”之争。清廷两位主要大臣意见分歧。李鸿章重“海防”，也就是放弃新疆，左宗棠则主张加强西部“塞防”，收復新疆。左公强调“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”。慈禧太后心里没底，于是她问左宗棠收復新疆需要多少时间，左宗棠的答覆是：“剿抚兼施，一了百了，得五年时间。”
慈禧太后对左宗棠的“一了百了”四字十分欣赏，于是，清廷任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。