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《本草纲目》编写后，李时珍希望早日出版，为了解决《本草纲目》的出版问题，70多岁的李时珍，从武昌跑到当时出版业中心南京，希望通过私商来解决。由于长年的辛苦劳累，李时珍终于病倒在床，病中嘱咐他的孩子们，将来把《本草纲目》献给朝廷，借助朝廷的力量传布于世。可惜李时珍还没有见到《本草纲目》的出版，就与世长辞了。这年（1593年），他刚满76岁。
不久，明朝皇帝朱诩钧，为了充实国家书库，下令全国各地向朝廷献书，李时珍的儿子李建元，将《本草纲目》献给朝廷。朝廷批了“书留览、礼部知道”七个字，就把《本草纲目》搁置一边。后来仍在南京的私人刻书家胡承龙的刻印下，在李时珍死后的第3年（1596年），《本草纲目》出版。
公元1603年，《本草纲目》又在江西翻刻。从此，在国内得到广泛的传播。据不完全统计，《本草纲目》在国内至今有30多种刻本。1596年的金陵胡成龙刻本现藏于中国中医科学院图书馆，并与2010年3月入选为世界记忆亚太地区名录。
公元1606年《本草纲目》首先传入日本，1647年波兰人弥格来中国，将《本草纲目》译成拉丁文流传欧洲，后来又先后译成日、朝、法、德、英、俄等文字。
在这部书中，李时珍指出了许多药物的真正效用，如常山可治疟疾，延胡索能够止痛。他还举了日常生活中容易中毒的例子，像用锡做盛酒器，因有毒素能溶解在酒中，久而久之，会使饮酒的人慢性中毒。他在写作中遇到难题时还跑到实地进行观察。如看到旧本草中所说，穿山甲吞食蚂蚁是通过鳞甲来诱捕。他觉得奇怪，认为百闻不如一见，他搞到一只活的穿山甲，仔细观察了它的生活规律后，发现它是用舌头吃蚂蚁。他又解剖了穿山甲的胃囊，发现里面竟有蚂蚁一升之多，于是写下了这段记载。
李时珍就这样认真刻苦，一丝不苟地写下了他的巨著《本草纲目》。由于他在书中批判了水银“无毒”，久服“成仙”“长...
仙”“长生”等说法，当时皇帝大臣都信道士们的水银炼丹，所以这部著作大书商们都不敢出版，直到他死后于公元1596年才与读者见面。出版后立即引起了巨大的反响，人们到处传播它，并进行翻刻，成为医生们的必备书籍。从17世纪起，《本草纲目》陆续被译成日、德、英、法、俄等五国文字。1953年出版的《中华人民共和国药典》，共收集531种现代药物和制剂；其中采取《本草纲目》中的药物和制剂就有100种以上。
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《本草纲目》的药物与药方之间的联系，主要是以药物的药性为主。
而记录在《本草纲目》的药方当中，很多都算是附录在药物的介绍当中：
露水：
释名在秋露重的时候，早晨去花草间收取。气味甘、平、无毒。
主治：用以煎煮润肺杀虫的药剂，或把治疗疥癣、虫癞的散剂调成外敷药，可以增强疗效。
药方：白花露：止消渴。百花露：能令皮肤健好。柏叶露、菖蒲露：每天早晨洗眼睛，能增强视力。韭叶露：治白癜风。每天早晨涂患处。
明水：
释名：亦称方诸水。方诸是一种大蚌的名字。月明之夜，捕得方诸，取其壳中贮水，清明纯洁，即是方诸水。气味甘、寒、无毒。
主治：用以洗眼，可以去雾明目，饮此水，还有安神的作用，亦去小儿烦热。[10]
浆水：
释名：亦名酸浆。粟米（这个不是指玉米，而是指小米、稞子、黏米）煮熟后，放在冷水里，浸五、六天，味变酸，面上生白花，取水作药用。但浸至败坏，则水有害。气味甘酸、微温、无毒。
主治：上吐下泻（浆水煎干姜饮用），过食腊肉，致筋痛肚闷（浆水煎粥吃，加少量老鹰屎，效果更好