这第二场大瘟疫是由第一场瘟疫（查士丁尼瘟疫）中残留下来的微生物源引起的。这些微生物源由西向东传播，在局部地区被保存下来，寄生在野鼠、旱獭和黑鼠等生活在中亚广大高原上的啮齿类动物身上。感染上瘟疫的老鼠们跟随沙漠旅行商队，沿着贯穿亚洲和地中海的丝绸之路，从中亚里海被带到了克里米亚半岛。在克里米亚，它们登上货船，从一个港口到另一个港口，一个国家到另一个国家，把瘟疫撒播到污秽肮脏、人口聚居的城市。
现在是1043年春，这场爆发的黑死病未被历史所记载着，或许是局域性的黑死病爆发，也或许是威廉来到中世纪后所带来的蝴蝶效应导致黑死病提前爆发出来也说不定。