然而，周恩来的努力是有限的，“监护”仍难以使习仲勋习摆脱被林彪、“四人帮”操纵的专案审查、非法审讯和政治迫害。
习仲勋在“监护”期间度过了一段漫长而又难熬的日子。他被关押在北京北新桥交通干校，住在一间狭窄的小屋里。除监护人员送饭和有事来找外，很少能见到其他人，几乎与世隔绝。这里还住了些什么人，习仲勋一无所知。他仍然要接受专案人员的审查讯问，无休止地写交代材料。所幸的是，监护所为他每天送来《人民日报》，可以了解一些情况，有时还可以在指定地点散散步，洗洗澡。习仲勋后来与人交谈时说：“监护所内的浴室也很特殊，每个喷头都用木板隔成单间，高达三米多，但下面却离地面约一尺，使洗澡者互不见面，防止‘串联’和相互通气。洗澡时只能看见小腿和脚，这种被监护人员的特殊‘见面’，谁也不知对方是谁。”为了锻炼身体，习仲勋就在小屋里转圈子，一边转，一边数，常常转到好几千圈，又倒回来。这七八年来，小屋成了他磨炼意志的小天地。
在监护期间，林彪、“四人帮”和康生以及他们直接操纵的专案组加紧对习仲勋的审讯和“定案”。习仲勋回忆说：“监护中悠长的岁月也是不容易度过的，林彪、‘四人帮’和那个‘顾问’还不放过我，想方设法折磨我。”有一次，专案人员找习仲勋谈话，指责他写的材料不真实，交代问题态度不老实，并诬衊他和台湾某人有联繫，是里通外国分子。这两句用心险恶的话，引起了习仲勋的高度警惕。在那个特殊年代，如果被认定有里通外国问题，是完全可能被置于死地的。他意识到，这是有预谋的政治陷害，顿时抑制不住激动的情绪，愤而为自己辩护说，这纯属诬陷。
专案人员在审讯时透露出其中原委。原来他们出于给习仲勋定上“特务”、“里通外国分子”罪名的目的，从敌特报刊和所谓群众揭发中搜罗到两件很正常的工作上的事情，有意无限上岗，欲置习仲勋于死地。【贺氏藏书·刘大海精校】
一件事是，习仲勋少年时代的同学陈建中(原名程建文)，一九四九年随蒋介石逃到台湾后担任了国民党评议委员，曾在台湾电台发表过策反讲话。陈建中与习仲勋既是同学又是同乡，早年一起参加革命，后来陈建中投靠国民党，两人分道扬镳，彻底决裂。“四人帮”、康生控制的专案组却借题发挥，逼迫习仲勋承认与陈建中有联繫，搞特务活动。习仲勋义正词严地说，过去的关係是历史形成的，无法改变。对敌特报刊的挑拨离间，不加分析就予以相信，这正好上了敌人的当。
另一件事是，一九五九年三月，随朱德和习仲勋到东欧访问的一个工作人员，在“文化大革命”中揭发习仲勋在民主德国参观柏林围墙时，想越墙叛国投敌。专案组抓住这子虚乌有的事情，要习仲勋“老实交代”。习仲勋对这天方夜谭般的政治诬陷怒不可遏。他回忆了代表团访问的经过，连声说道：纯属无中生有!代表团的活动，完全受所在国政府的安排和保护，有众多的领导人和工作人员陪同，这怎么可能呢?简直荒谬绝伦!
习仲勋对这两件诬陷他的事，义正词严，据理力争，专案人员只好不了了之。
在漫长监护的日子里，习仲勋渴望看到外面的世界。他思念昔日朝夕相处的同志和战友，也十分惦念妻子和儿女。然而，他没有和他们见面的自由，只能望墙兴嘆。他回忆访说：“我独处斗室，断绝了和一切人往来，连直系亲属也看不到，更不知道外边的真实情况。”
八年过去了，他没有妻子和孩子们的任何音讯，更不知道他们的境况，上次见面还是在一九六五年十二月。那时正在北京郊区参加“四清”运动的妻子齐心，在习仲勋赴洛阳前专门请了一天假看望他，此后两人再没见面。他惦念着齐心，齐心也挂念着他。“文化大革命”开始后，齐心的处境更加困难，因与习仲勋没有“划清界限”，被康生列人五百人黑名单之中受到审查，在“五七”干校劳动长达七年之久。当时四个孩子都尚未成年。三个稍大一点的孩子，桥桥到内蒙古生产建设兵团劳动锻炼，安安到山西省运城地区临猗县临晋公社云冲大队插队，近平到陕北延川县文安驿公社梁家河大队插队。小儿子远平和妈妈在一起，去了“五七”干校上“五七”中学，初中毕业后，就被剥夺了继续升学的权利，到工厂当车工学徒。在万般无奈的情况下，齐心于一九七二年冬给周恩来写信，请求解决生活上的实际困难，希望能与习仲勋见面。她在信中说，我和孩子们已经多年没有见到仲勋了，请总理让我们母子早日见到他;我们在北京已无住处，请组织解决住房问题;存款也早已冻结，希望能解冻一部分维持生活。周恩来很快做出批示，要求有关方面予以落实。
之后不久，习仲勋被专案组带到北京城里的一个地方，齐心和孩子早已等候在那里。见到习仲勋，孩子们一下子围了上来，亲热地叫着：爸爸、爸爸。他八年没有见过孩子了，顿时热泪盈眶。面对两个女儿，他已经分不出哪个是桥桥，哪个是安安，看着两个长大了的儿子，竟然完全不认识了。习仲勋离开家时，近平十一岁，远平八岁，这时已分别是十九岁和十六岁的大小伙子了。此时此景使他想起唐朝诗人贺知章的诗句：“少小离家老大回，乡音未